Shin Godzilla 2016 bắt đầu từ khi Aqua Line của vịnh Tokyo bị lũ lụt và sụp đổ một cách bí ẩn. Phó Chánh văn phòng Nội Rando Yaguchi của Nhật Bản tin rằng vụ việc đã được gây ra bởi một sinh vật sống. Ông tuyên bố điều này khiến Thủ tướng Chính phủ cảm thấy không hài lòng, những giả định vụ tai nạn đã được gây ra bởi một thảm họa tự nhiên không được chấp nhận. Dấu hiệu từ vụ thiên tai đã xuất hiện không giống với những gì từng xảy ra trước đây, đẩy Yaguchi và nhóm của mình vào cuộc điều tra mở rộng với những bí ẩn đằng sau.