Trên chuyến nghỉ Okinawa, Takato và Guilmon đã gặp Minami, một cô gái trẻ xinh đẹp đầy bí ẩn. Sau khi trở về Nhật Bản, thú cưng máy tính của Takato đột nhiên biến thành một loại vi-rút tàn phá, lan truyền và tấn công tất cả các máy tính. Takato phải đối mặt với một thách thức mới khi cố gắng tìm ra nguyên nhân gốc rễ của sự lây nhiễm virus này và vì sao Digimon đột nhiên trở nên hung dữ, tấn công Minami - người bạn mới của mình. Trong cuộc chiến chống lại virus, Takato phải khám phá mối liên hệ đầy bí ẩn giữa Minami, Digimon và sự lan truyền của vi-rút đe dọa toàn bộ hệ thống máy tính.